一、审计线索的改变
由于会计实行电算化，使审计线索发生很大变化，传统的手工会计系统中的审计线索在电算化系统中将会中断甚至消失，在手工系统中，由原始凭证到记账凭证，由过账到财务报表的编制，每一步都有文字记录，都有经手人签字，审计线索十分清楚，审计人员进行审计，完全可以根据需要进行顺查，逆查或抽查。但在电算化会计系统中，传统的账薄没有了，绝大部分的文字记录消失了，代之的是存有会计资料的磁盘和磁带，这些磁性介质上的信息是以机器可读的形式存在的，肉眼不能识别，此外，从原始数据进入计算机，到财务报表的输出，这中间的全部会计处理集中由计算机按程序指令自动生成，传统的审计线索在这里中断了，消失了，传统的查账方法，对电算化的会计个体已不完全适用，为了能有效地审计电算化的会计个体，在电算化会计系统的设计和开发时必须注意审计需求，要留下新的审计线索。
二、内部控制制度变化
加大审计风险对于采用会计电算化的企事业单位，其内部控制制度也会随之进行调整，过去通过印章，手续程序能体现的财务内控制度，现在是通过计算机显示或打印出来，有些内部控制由印章，手签控制或打印出来，有些内部控制由印章，手签控制变成了对人和对计算机的控制。如果计算机操作人员无论是谁只要懂得操作程序和进入程序的密码就能办理相关业务，就会对有些会计电算化业务进行修改，系统只能留下设定人员的操作痕迹的，但这可能不是真正的操作员本人所为，所以在审计会计电算化的业务处理上，审计的风险进一步加大了。
三、审计内容的改变
在会计电算化条件下，审计的监督职能虽然没有改变，但审计内容却发生了变化。在电算化会计信息系统中，会计事项由计算机按程序自动进行处理。
如果系统的应用程序出错或被非法篡改，则计算机只会按给定的程序以同样错误的方法处理所有的有关会计事项，系统就可能被不知不觉地嵌入非法的舞弊程序，不法分子可以利用这种舞弊程序大量侵吞企业的财物。
系统的处理是否合规，合法，安全可靠，都与计算机系统的处理和控制功能有直接关系，电算化会计信息系统的特点，及其固有的风险，决定了审计的内容要增加对计算机系统处理和控制功能的审查，在会计电算化条件下，审计人员要花费较多的时间和精力来了解和审查计算机系统功能，以证实其处理的合法性、正确性和完整性，保证系统的安全可靠。
四、系统软件技术缺陷.导致审计风险
现在我国会计电算化软件很多，每个企事业单位使用的会计电算化软件各有不同，有些会计电算化罗件对会计处理结果能够全面系统的加以打印，但个别会计电算化软件打印出的资料很少，大量的会计资料只能存放在磁性介质上，审计软件只能对留有审计接口的会计电算化软件撮会计资料开展审计分析和查证。由于有些会计电算化软件本身缺陷导致审计软件取数不全或不准确，或由于审计软件本身设计上缺陷无法取得审计所需数据，都会导致审计风险的增加。
五、审计技术的改变
在手工会计处理的条件下，审计可根据具体情况进行顺查，逆查或抽查。审查一般采用查阅、核对、分析、比较、调查和证实等方法，所有审查工作都是由人工完成的，在会计电算化条件下，会计的特点决定了审计的审计的内容和技术的改变，虽然人工的各种审查技术仍是很重要的，但计算机辅助审计是必不可少的审计技术。
信息处理的电算化和信息存贮的电磁化，如果没有全部打印输出纸质的账表文字，磁性介质上的会}l-资料是肉眼所不能识别的，审计人员只能利用计算机对它进行审查，即使系统的全部账表都要拷贝利用计算机比手工可以更迅速，更有效地完成审阅，核对，分析，比较等各项审查工作分析比较等等。
在会计电算化的条件下，既要对计算机系统的处理和控制功能进行审查，又要采用计算机辅助审计技术，对计算机系统功能的审查，必须运行计算机，让计算机执行各种操作和处理，也就是利用计算机开展审计，此项审查是不能离开计算机仅由人工来完成的。
六、对审计人员的要求更高
在会计电算化条件下，由于审计线索内容控制，内容和审计技术的改变，决定了对审计人员的要求高了，不懂得计算机的审计人员，因审计线索的改变而无法审计，不懂得电算化会计系统的特点和风险而不能识别和审计内部控制，不懂得使有计算机而无法对计算机进行审查或利用计算机进行审计，因此，要求审计人员不仅要有会计，审计理论和实务知识，而且要掌握计算机和电算化会计方面的知识和技能。12
七、计算机审计风险的防范与控制
1.搞好内部控制测试，准确评估和评价。审计人员需要对内部控制制度进行更多的检查和评价进一步加强，对被审单位内部控制制度没有明文规定的，应采用调查表或流程图的形式，由审计人员进行整理和理顺，并对内部控制制度的真实性，可靠性进行评价，对于被审单位内部控制是否有效运行，确立指标进行衡量，对其重要性和风险性进行全面评估，确立可接受风险的程度，尽可能降低审计风险。
2.加强技能培训，提高计算机审计能力。对审计人员，进行审计软件的应用培训，丰富审计人员计算机专业知识，特别是数据库的知识，增强审计分析和判断能力，对利用计算机审计的人员，在数据导出数据导人的过程中，分析被审单位会计电算化数据处理规律，对利用审计软件直接形成审计底稿的内容建立复核制度，防止财务数据不全或财务数据差错，给审计带来不必要的风险。
3.完善审计准则和审计程序。现行审计准则和审计程序主要是针对传统审计方式制定的，对于计算机审计的准则和审计程序还需要进一步完善，现在的审计规则是远远不够，对数据的收集，整理，及底稿的形成，对计算机审计还没有形成一个较完整的准则体系，如果会计电算化只是对凭证录入而形成明细账和总账，那就简单了，但现在的会计电算化越来越复杂，特别是erp技术的应用，企事业单位的多种资源管理和会计业务综合在一起，致使会计电算化关联数据越来越复杂，对审计取数工作是带来的风险也不断增大。
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